金畔生物试剂,Single Cell Full Length mRNA-Amplification Kit

Single Cell Full Length mRNA-Amplification Kit

Single Cell Full Length mRNA-Amplification Kit

模板起始量低:单个细胞或10pg Total RNA即可作为起始模板,进行高效扩增

扩增灵敏度高:使用LNA技术及精心优化的反应体系,提高低表达基因的检出量

产物完整性好:通过双端引物扩增全长cDNA,获得全转录组信息,避免了5'和3'偏好性

Single Cell Full Length mRNA-Amplification Kit

Single Cell Full Length mRNA-Amplification Kit

单个293T细胞和10 pg Total RNA分别扩增18个循环,取1 µl纯化后的cDNA扩增产物使用Agilent 2100 Bioanalyzer进行检测,扩增产物分布于400-10000 bp,文库的peak位于2000 bp 左右;无模板阴性对照无产物。

Single Cell Full Length mRNA-Amplification Kit

Single Cell Full Length mRNA Amplification Kit能以1-500个细胞或10 pg-10 ng总RNA为模板,以Oligo(dT) VN Primer 为逆转录引物进行cDNA的合成,并且利用逆转录酶Sc Reverse Transcriptase的Template-switching活性在cDNA的3’端添加一段接头序列,通过该接头序列进行后续PCR扩增以获得全长cDNA扩增产物。有效避免了cDNA合成过程中的3’偏好性和rRNA的污染,对获得的全长cDNA扩增产物进行测序分析可以得到基因表达差异、可变剪接、融合基因等遗传调控信息。

 

Single Cell Full Length mRNA Amplification Kit ,兼容样品体积可控制为2.5 μl。一般情况下,一个反应可以产生2-20 ng的cDNA扩增产物。

Single Cell Full Length mRNA-Amplification Kit

Single Cell Full Length mRNA-Amplification Kit

Single Cell Full Length mRNA-Amplification Kit

Box 1,-70°C储存;

Box 2,-20°C储存。

金畔生物试剂,Discover-sc WTA Kit V2

Discover-sc® WTA Kit V2

单细胞转录组测序文库构建

Discover-sc WTA Kit V2

模板起始量低:单个细胞或10pg Total RNA即可作为起始模板,进行高效扩增

扩增灵敏度高:使用LNA技术及精心优化的反应体系,大幅度增加了低表达基因的检出量

产物完整性好:通过双端引物扩增全长cDNA,获得全转录组信息,避免了5'和3'偏好性

操作成功率大:大大减少了RNA样品的处理,从而较大限度避免了样品损失的风险,提高了操作成功率

体积兼容性广:样品兼容体积可高达5 μl,兼容不同浓度的模板进行扩增 

Discover-sc WTA Kit V2

1.模板起始量低,扩增产物cDNA完整性好

10 pg 293T细胞Total RNA用Discover-sc® WTA Kit V2进行扩增,取1 μl cDNA扩增产物用Agilent 2100 Bioanalyzer进行分析。试剂盒以Oligo dT Primer为逆转录引物,并利用Discover-sc® Reverse Transcriptase的Template-switching活性在cDNA的3’端添加一段接头序列,通过该接头序列进行后续的PCR扩增,获得全长cDNA扩增产物,同时避免了rRNA的污染。

Discover-sc WTA Kit V2

 

2.文库质量分析—数据基本指标

Vazyme-1和Vazyme-2是单个293T细胞经过Discover-sc® WTA Kit V2 进行扩增,C-1和C-2是单个293T细胞经过用C公司单细胞转录组试剂盒进行扩增,取1 ng cDNA扩增产物经TruePrep® DNA Library Prep Kit V2 for Illumina构建文库。以下均为此文库数据分析。

 

3.基因表达总体情况分析

Discover-sc WTA Kit V2

Discover-sc® WTA Kit V2试剂盒扩增产物检测灵敏度高,单个293T细胞检测到基因数高达15000个。

 

4.数据分布均一,无偏好性

Discover-sc WTA Kit V2

左图为Vazyme-1测序片段在基因上的分布结果,右图为C-1测序片段在基因上的分布结果,数据显示Discover-sc® WTA Kit V2扩增很好的保证了基因5’和3’的覆盖。

 

5.表达重复相关性高

Discover-sc WTA Kit V2

左图为Vazyme-1和Vazyme-2表达重复相关性分析,右图为C-1和C-2表达重复性相关性分析。数据结果表明表达重复相关性高于C公司。

Discover-sc WTA Kit V2

 Discover-sc® WTA Kit V2能以1-1000个细胞或10 pg-10 ng总RNA为模板,通过第一链cDNA合成及扩增,获取足够的用于序列分析的样本,从而解决了诸如单细胞等微量样本因RNA含量过低导致的无法使用常规mRNA-seq进行测序分析的技术难题。试剂盒以Oligo dT Primer为逆转录引物进行cDNA合成,并利用Discover-sc® Reverse Transcriptase的Template-switching活性在cDNA的3’端添加一段接头序列,通过该接头序列进行后续的PCR扩增,获得全长cDNA扩增产物,有效避免了cDNA合成过程中的3’偏好性和rRNA的污染。

Discover-sc® WTA Kit V2是在Discover-sc® WTA Kit基础上开发的升级版本,其检测灵敏度、体积兼容性均得到了大幅度提升,更加适合低丰度基因及低浓度模板的检测。

Discover-sc WTA Kit V2

Discover-sc WTA Kit V2

Discover-sc WTA Kit V2

Box 1,-70°C储存; Box 2,-20°C储存。

金畔生物试剂,Hyperactive Universal CUT&Tag Assay Kit for Illumina

Hyperactive® Universal CUT&Tag Assay Kit for  Illumina

CUT&Tag实验操作指南(TD903)

CUT&Tag实验注意事项(TD903)

Hyperactive Universal CUT&Tag Assay Kit for  Illumina

操作简便:全流程优化,磁珠提取安全高效

样本投入量低:技术革新,适用微量样本

抗体兼容性好:转座子升级,抗体亲和力高

测序质量高:扩增模块优化,数据真实可靠

信噪比高:背景远低于ChIP-Seq,重复性好

Hyperactive Universal CUT&Tag Assay Kit for  Illumina

样本投入量低,信噪比高

针对不同起始量的K562 细胞(100、10,000 cells),使用TD903 进行H3K27me3 抗体的CUT&Tag实验,通过Agilent 2100 Bioanalyzer进行文库分布检测。结果显示对于不同细胞投入量(100、10,000 cells),均可构建出相似的ladder 状的文库,说明TD903 能够兼容低细胞起始量的实验。

 

Hyperactive Universal CUT&Tag Assay Kit for  Illumina Hyperactive Universal CUT&Tag Assay Kit for  Illumina

针对不同起始量的K562 细胞(100、1,000、10,000、100,000 cells),使用TD903 进行H3K4me3 抗体的CUT&Tag 实验。结果显示不同投入量染色体图谱基本一致,100 个细胞即可提供与ChIP-Seq 结果一致的覆盖图谱。

Hyperactive Universal CUT&Tag Assay Kit for  Illumina

适用性广

使用TD903 针对10,000个A549 细胞、Hela细胞和K562 细胞,进行H3K4me3 抗体的CUT&Tag 实验。结果显示TD903 适用于多种细胞系的DNA-蛋白质互作研究。

Hyperactive Universal CUT&Tag Assay Kit for  Illumina

投入10,000 个K562 细胞,使用TD903 分别测试以下不同抗体:H3K4me3 (abcam#ab8580)、H3K27me3 (CST#9733S)、H3K27ac (abcam#ab4729)、RNA PoI II (abcam#ab26721) 、CTCF (CST#3418S)。结果显示TD903 适用于多种靶蛋白的DNA-蛋白质互作研究。

Hyperactive Universal CUT&Tag Assay Kit for  Illumina

Hyperactive Universal CUT&Tag Assay Kit for  Illumina

Hyperactive® Universal CUT&Tag Assay Kit for Illumina是针对Illumina高通量测序平台定向开发的用于研究蛋白质-DNA相互作用的试剂盒。CUT&Tag(Cleavage Under Targets & Tagmentation)技术是一种研究蛋白质-DNA相互作用的新方法,使用Protein A/G融合的转座酶,在抗体引导下精准靶向目的蛋白,并在目的位点附近进行DNA的片段化。

本试剂盒优化了实验反应体系和建库流程,与传统的ChIP-Seq相比,具有细胞投入量低、实验周期短、信噪比高、可重复性好等优势,尤其适用于早期胚胎发育、干细胞、肿瘤以及表观遗传学等研究领域。试剂盒中所有试剂都经过严格的质量控制和功能验证,较大程度上保证了文库构建的稳定性和重复性。

Hyperactive Universal CUT&Tag Assay Kit for  Illumina

Hyperactive Universal CUT&Tag Assay Kit for  Illumina

Hyperactive Universal CUT&Tag Assay Kit for  Illumina

BOX 1:ConA Beads和DNA Extract Beads 2 ~ 8℃保存,其余组分室温(15 ~ 25℃)保存,根据不同目的地调整运输方式。
BOX 2:5% Digitonin -30 ~ -15℃保存,室温(15 ~ 25℃)下可保存1周;
其余组分-30 ~ -15℃保存,≤0℃运输。

金畔生物试剂,Hyperactive In-Situ ChIP Library Prep Kit for Illumina

Hyperactive® In-Situ ChIP Library Prep Kit for Illumina

 

 

Hyperactive In-Situ ChIP Library Prep Kit for Illumina

操作简单:可一步实现DNA的片段化和接头连接,仅需9 h即可实现从细胞到二代测序文库的转化

高活性:兼具Protein G&Tn5活性,DNA片段化活性较高

细胞起始量低:可兼容低至60个细胞,甚至单细胞

纯度高:蛋白纯度高、核酸残留低

Hyperactive In-Situ ChIP Library Prep Kit for Illumina

1. CUT&Tag技术原理及应用

CUT&Tag(Cleavage Under Targets and Tagmentation)是替换传统的ChIP-Seq用以研究蛋白质-基因组互作的新技术,与后者相比,它具有显著优势,如:信噪比高,可重复性好,实验周期短(1天实现从细胞到文库构建),细胞投入量低等,尤其适用于早期胚胎发育、干细胞、肿瘤以及表观遗传学等研究领域。

Hyperactive In-Situ ChIP Library Prep Kit for Illumina

CUT&Tag技术的实验流程简单,主要包括:①收集细胞;②分别孵育一抗和二抗;③孵育pA/pG-Tn5转座子(Hyperactive® pA/pG-Tn5 Transposon);④激活转座子,进行DNA片段化;⑤DNA提取;⑥文库扩增与纯化。

 

2. 转座子切割活性高

Hyperactive In-Situ ChIP Library Prep Kit for Illumina

如图所示,对Vazyme #TD901中提供的pG-Tn5转座子进行活性检测,投入50 ng 人基因组DNA(gDNA),1 μl转座子可快速(10 min)实现DNA片段化,说明该融合酶切割DNA活性高。

 

3. 细胞起始量低

A: CUT&Tag峰形图

100 cells    

Hyperactive In-Situ ChIP Library Prep Kit for Illumina

10,000 cells

Hyperactive In-Situ ChIP Library Prep Kit for Illumina

如图A所示:投入不同起始量的HEK293细胞(100或10,000个细胞),按照Vazyme #TD901说明书推荐的反应体系进行CUT&Tag实验;其中,pG-Tn5转座子使用的终浓度为0.04 μM,一抗为H3K27me3(CST,#9733),二抗为Goat anti Rabbit(Bioworld,#BS13271)。通过使用Agilent 2100 Bioanalyzer进行文库分布检测,结果显示对于不同细胞投入量(100个或10,000个细胞),均可构建出与文献中类似的呈现Ladder状的文库,说明该体系能够兼容低细胞起始量的实验。

 

B:Peak 富集

Hyperactive In-Situ ChIP Library Prep Kit for Illumina

如图B所示:将图A中的CUT&Tag文库进行二代测序分析,可以看出,100个细胞可以达到与10,000细胞类似的Peak富集,且信噪比显著高于ChIP-Seq。

 

4. 实验重复性好

Hyperactive In-Situ ChIP Library Prep Kit for Illumina

如上图所示,投入不同起始量(1,000、10,000或100,000)的HEK293细胞,每种起始量做2个重复,按照Vazyme #TD901说明书推荐的反应体系进行CUT&Tag实验;其中,pG-Tn5转座子使用的终浓度为0.04 μM,一抗为H3K27me3(CST,#9733),二抗为Goat anti Rabbit(Bioworld,#BS13271),阴性对照为与一抗同源的IgG(CST,#2729)。对上述文库样本进行二代测序,针对富集的reads进行pearson相关性分析,可以看出,平行样本之间的重复性较好。

Hyperactive In-Situ ChIP Library Prep Kit for Illumina

Hyperactive® In-Situ ChIP Library Prep Kit for Illumina是针对CUT&Tag技术定向开发的专用试剂盒。CUT&Tag技术是一种研究蛋白质-DNA互作的新方法,通过将Protein G或Protein A与经过工程学改造的高活性Tn5转座酶融合,形成兼具双重活性的新型融合酶(Hyperactive® pG-Tn5/pA-Tn5 Transposase),在抗体引导下精准靶向切割目的蛋白附近的DNA序列。与传统的ChIP-Seq相比,该技术具有细胞投入量低、实验周期短、信噪比高、可重复性好等优势,尤其适用于早期胚胎发育、干细胞、肿瘤以及表观遗传学等研究领域。试剂盒中所有试剂都经过严格的质量控制和功能验证,较大程度上保证了文库构建的稳定性和重复性。

Hyperactive In-Situ ChIP Library Prep Kit for Illumina

Hyperactive In-Situ ChIP Library Prep Kit for Illumina

Hyperactive In-Situ ChIP Library Prep Kit for Illumina

BOX 1:ConA beads 2 ~ 8℃保存,其余组分室温储存。

BOX 2:5% Digitonin -30 ~ -15℃保存,室温下可保存1周;

10 × Binding Buffer -30 ~ -15℃保存,2 ~ 8℃下可保存6个月;

其余组分-30 ~ -15℃储存。

金畔生物试剂,Hyperactive pA-Tn5 Transposase for CUT&Tag

Hyperactive® pA-Tn5 Transposase for CUT&Tag

Hyperactive pA-Tn5 Transposase for CUT&Tag

操作简单:可一步实现DNA的片段化和接头连接,仅需9 h即可实现从细胞到二代测序文库的转化

高活性:兼具Protein A&Tn5活性,DNA片段化活性较高

细胞起始量低:可兼容低至60个细胞,甚至单细胞

纯度高:蛋白纯度高、核酸残留低

Hyperactive pA-Tn5 Transposase for CUT&Tag

应用于CUT&Tag技术

CUT&Tag( Cleavage Under Targets and Tagmentation)是替换传统的ChIP-Seq用以研究蛋白质-基因组互作的新技术,与后者相比,它具有显著优势,如:信噪比高,可重复性好,实验周期短(1天实现从细胞到文库构建),细胞投入量低等,因此,该方法适用于表观遗传学、肿瘤、干细胞等研究领域。 

Hyperactive pA-Tn5 Transposase for CUT&Tag

CUT&Tag技术的实验流程简单,主要包括:①收集细胞;②分别孵育一抗和二抗;③孵育经过Hyperactive® pA/pG-Tn5 Transposase for CUT&Tag (#S603/S602)制备的转座子;④激活转座子,进行DNA片段化; ⑤DNA提取; ⑥文库扩增与纯化。

活性检测

Hyperactive pA-Tn5 Transposase for CUT&Tag

如图所示,对使用#S603反应体系(2 μg和10 μg体系)生成的转座子进行活性检测,针对不同的DNA投入量(50 ng和100 ng),1 μl转座子可快速(10 min)实现DNA片段化,说明该融合酶活性高。

Hyperactive pA-Tn5 Transposase for CUT&Tag

Hyperactive® pA-Tn5 Transposase for CUT&Tag是将Protein A与经过工程学改造的超高活性Tn5转座酶进行融合,形成同时具备转座酶与Protein A活性的新型融合酶,专门适用于蛋白质-基因组互作研究的CUT&Tag技术。与传统的蛋白质-基因组互作研究方法ChIP-Seq相比,CUT&Tag具有显著优势,该技术实验周期短,信噪比高,可重复性好,且细胞投入量低,尤其适用于早期胚胎发育、干细胞、肿瘤以及表观遗传学等研究领域。

Hyperactive pA-Tn5 Transposase for CUT&Tag

组分 S603-01 (10 μg) S603-02 (20 μg)
Hyperactive® pA-Tn5 Transposase ( 500ng/μl)a 20 μl 40 μl
5 × Tagment Buffer Lb 250 μl 500 μl
Coupling Buffer 250 μl 500 μl
Annealing Buffer 500 μl 1 ml

a. #S603的质量浓度是500 ng/μl,换算成摩尔浓度是7.5 pmol/μl;

b. 5 × Tagment Buffer L含Mg2+,用于测试制备的转座子片段化DNA的效果,而非CUT&Tag工作Buffer。

Hyperactive pA-Tn5 Transposase for CUT&Tag

整个试剂盒于-85 ~ -65℃保存,干冰运输;收到货后Hyperactive® pA-Tn5 Transposase于-85 ~ -65℃保存,其余组分可于-30 ~ -15℃保存;生成的转座子于-30 ~ -15℃保存,有效期一年。

金畔生物试剂,Hyperactive pG-Tn5 Transposase for CUT&Tag

Hyperactive® pG-Tn5 Transposase for CUT&Tag

Hyperactive pG-Tn5 Transposase for CUT&Tag

操作简单:可一步实现DNA的片段化和接头连接,仅需9 h即可实现从细胞到二代测序文库的转化

高活性:兼具Protein G&Tn5活性,DNA片段化活性较高

细胞起始量低:可兼容低至60个细胞,甚至单细胞

纯度高:蛋白纯度高、核酸残留低

Hyperactive pG-Tn5 Transposase for CUT&Tag

应用于CUT&Tag技术

CUT&Tag( Cleavage Under Targets and Tagmentation)是替换传统的ChIP-Seq用以研究蛋白质-基因组互作的新技术,与后者相比,它具有显著优势,如:信噪比高,可重复性好,实验周期短(1天实现从细胞到文库构建),细胞投入量低等,因此,该方法适用于表观遗传学、肿瘤、干细胞等研究领域。 

Hyperactive pG-Tn5 Transposase for CUT&Tag

CUT&Tag技术的实验流程简单,主要包括:①收集细胞;②分别孵育一抗和二抗;③孵育经过Hyperactive® pA/pG-Tn5 Transposase for CUT&Tag (#S603/S602)制备的转座子;④激活转座子,进行DNA片段化; ⑤DNA提取; ⑥文库扩增与纯化。

 

活性检测

 

Hyperactive pG-Tn5 Transposase for CUT&Tag

 

如图所示,对使用#S602反应体系(2 μg和10 μg体系)生成的转座子进行活性检测,针对不同的DNA投入量(50 ng和100 ng),1 μl转座子可快速(10 min)实现DNA片段化,说明该融合酶活性高。

Hyperactive pG-Tn5 Transposase for CUT&Tag

Hyperactive® pG-Tn5 Transposase for CUT&Tag是将Protein G与经过工程学改造的超高活性Tn5转座酶进行融合,形成同时具备转座酶与Protein G活性的新型融合酶,专门适用于蛋白质-基因组互作研究的CUT&Tag技术。与传统的蛋白质-基因组互作研究方法ChIP-Seq相比,CUT&Tag具有显著优势,该技术实验周期短,信噪比高,可重复性好,且细胞投入量低,尤其适用于早期胚胎发育、干细胞、肿瘤以及表观遗传学等研究领域。

Hyperactive pG-Tn5 Transposase for CUT&Tag

组分 S602-01 (10 μg) S602-02 (20 μg)
Hyperactive® pG-Tn5 Transposase ( 500ng/μl)a 20 μl 40 μl
5 × Tagment Buffer Lb 250 μl 500 μl
Coupling Buffer 250 μl 500 μl
Annealing Buffer 500 μl 1 ml

a. #S602的质量浓度是500 ng/μl,换算成摩尔浓度是7.5 pmol/μl;

b. 5 × Tagment Buffer L含Mg2+,用于测试制备的转座子片段化DNA的效果,而非CUT&Tag工作Buffer。

Hyperactive pG-Tn5 Transposase for CUT&Tag

整个试剂盒于-85 ~ -65℃保存,干冰运输;收到货后Hyperactive® pG-Tn5 Transposase于-85 ~ -65℃保存,其余组分可于-30 ~ -15℃保存;生成的转座子于-30 ~ -15℃保存,有效期一年。

金畔生物试剂,Hyperactive pG-MNase for CUT&RUN

Hyperactive® pG-MNase for CUT&RUN

Hyperactive pG-MNase for CUT&RUN

操作简单:利用酶切代替超声破碎,仅需1天即可实现从细胞到二代测序文库的转化

高活性:DNA片段化活性较高

细胞起始量低:可兼容低至50个细胞

纯度高:蛋白纯度高、核酸残留低

Hyperactive pG-MNase for CUT&RUN

应用于CUT&RUN技术

CUT&RUN(cleavage under targets and release using nuclease)是替换传统的ChIP-Seq用以研究蛋白质-基因组互作的新技术,与后者相比,它具有显著优势,如:信噪比高,可重复性好,实验周期短(1天实现从细胞到文库构建),细胞投入量低等,因此,该方法适用于表观遗传学、肿瘤、干细胞等研究领域。

Hyperactive pG-MNase for CUT&RUN

CUT&RUN技术的实验流程简单,主要包括:

1.收集细胞并将细胞与连有伴刀豆蛋白A的磁珠进行结合;

2.孵育一抗;

3.孵育pA/pG-MNase;

4.激活pA/pG-MNase进行片段化;

5.DNA提取;

6.文库构建。

活性检测

Hyperactive pG-MNase for CUT&RUN

如图所示,针对300 ng人源基因组DNA,梯度加入不同量的S701或S702,于37℃进行酶切反应10 min。只需要0.1U 新型融合核酸酶即可实现300 ng人源基因组DNA片段化,表明该融合酶活性高。

Hyperactive pG-MNase for CUT&RUN

Hyperactive® pG-MNase for CUT&RUN是将Protein G与微球菌核酸酶(Micrococcal nuclease,MNase)进行融合,形成同时具备Protein G与MNase双重活性的新型融合酶,专门适用于蛋白质-基因组互作研究的CUT&RUN技术。CUT&RUN技术简化了传统ChIP-seq的操作流程,仅需1 – 1.5天即可实现从细胞到二代测序文库构建,且细胞投入量低,信噪比高,可重复性好,广泛应用于早期胚胎发育、干细胞、肿瘤以及表观遗传学等研究领域。

Hyperactive pG-MNase for CUT&RUN

组分

S702-01(200 U)

S702-02(400 U)

Hyperactive® pG-MNase (10U/μl)

20 μl

40 μl

MNase Dilution Buffer

200 μl

400 μl

Hyperactive pG-MNase for CUT&RUN

于-30 ~ -15℃保存。运输条件:≤ 0℃。

 

 

 

 

金畔生物试剂,Hyperactive pA-MNase for CUT&RUN

Hyperactive® pA-MNase for CUT&RUN

Hyperactive pA-MNase for CUT&RUN

操作简单:利用酶切代替超声破碎,仅需1天即可实现从细胞到二代测序文库的转化

高活性:DNA片段化活性较高

细胞起始量低:可兼容低至50个细胞

纯度高:蛋白纯度高、核酸残留低

Hyperactive pA-MNase for CUT&RUN

应用于CUT&RUN技术

CUT&RUN(cleavage under targets and release using nuclease)是替换传统的ChIP-Seq用以研究蛋白质-基因组互作的新技术,与后者相比,它具有显著优势,如:信噪比高,可重复性好,实验周期短(1天实现从细胞到文库构建),细胞投入量低等,因此,该方法适用于表观遗传学、肿瘤、干细胞等研究领域。 

Hyperactive pA-MNase for CUT&RUN

CUT&RUN技术的实验流程简单,主要包括:

1.收集细胞并将细胞与连有伴刀豆蛋白A的磁珠进行结合;

2. 孵育一抗;

3. 孵育Protein A/G MNase;

4. 激活Protein A/G MNase进行片段化;

5.DNA提取;

6.文库构建。

活性检测

Hyperactive pA-MNase for CUT&RUN

如图所示,针对300 ng质粒DNA,加入不同质量的pA-MNase于37℃进行酶切反应10 min。只需要0.5 ng pA-MNase即可实现300 ng质粒DNA片段化,说明该融合酶活性高。

Hyperactive pA-MNase for CUT&RUN

Hyperactive® pA-MNase for CUT&RUN是将Protein A与经过工程学改造的高活性MNase进行融合,形成同时具备MNase外切酶活性与Protein A活性的新型融合酶,专门适用于蛋白质-基因组互作研究的CUT&RUN技术。与传统的蛋白质-基因组互作研究方法ChIP-Seq相比,CUT&RUN具有显著优势,该技术实验周期短,信噪比高,可重复性好,且细胞投入量低,尤其适用于早期胚胎发育、干细胞、肿瘤以及表观遗传学等研究领域。

Hyperactive pA-MNase for CUT&RUN

组分

S701-01

S701-02

Hyperactive® pA-MNase (500ng/μl)

20 μl

40 μl

Hyperactive pA-MNase for CUT&RUN

于-30 ~ -15℃保存,-20 ~ 0℃运输。

金畔生物试剂,EpiArt DNA Methylation Bisulfite Kit

EpiArt® DNA Methylation Bisulfite Kit

EpiArt DNA Methylation Bisulfite Kit

操作时间短:DNA变性与亚硫酸氢盐转化一步到位,转化反应时间仅需140 min

转化效率高: 可兼容100 pg – 2 μg 基因组DNA投入量,回收效率≥ 80%,未甲基化的胞嘧啶转化效率≥ 99%

兼容范围广:可高效转化动物、植物、微生物的细胞或组织提取的DNA,cfDNA,纯化的PCR产物等

适用的下游应用:亚硫酸氢盐转化后的DNA适用于PCR扩增和NGS测序等下游应用。

EpiArt DNA Methylation Bisulfite Kit

1.回收效率高

 分别以1 μg 293 hg DNA和2 μg λ DNA为模板,参照各公司甲基化转化流程。EpiArt® DNA Methylation Bisulfite Kit(Vazyme #EM101)相比于同类产品,回收效率高。

EpiArt DNA Methylation Bisulfite Kit

图1. 转化产物回收效率对比

2.转化效率99%以上

分别以1 μg 293 hg DNA和2 μg λ DNA为模板,参照各公司甲基化转化流程。EpiArt® DNA Methylation Bisulfite Kit(Vazyme #EM101)相比于同类产品,转化效率高。

EpiArt DNA Methylation Bisulfite Kit

图2. 1 μg 293 hg DNA投入,Vazyme EM101和其他公司同类型产品转化产物电泳图

 

EpiArt DNA Methylation Bisulfite Kit

图3. 2 μg λ DNA投入,Vazyme EM101和其他公司同类型产品转化产物电泳图

 

EpiArt DNA Methylation Bisulfite Kit

图4. 转化效率对比

EpiArt DNA Methylation Bisulfite Kit

DNA甲基化与基因表达和基因功能密切相关,在基因印迹、胚胎发育、染色体基因沉默和细胞周期调控等生理和病理过程中发挥着重要作用。高效、准确地检测DNA甲基化对于生物学、遗传学、病理学、药理学、医疗诊断等多方面研究已经变得越发重要。常用的检测DNA甲基化的方法是亚硫酸氢盐转化法。这项技术原理是利用亚硫酸氢盐处理DNA,将未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶在转化过程中保持不变。转化后,DNA的甲基化情况可以通过PCR扩增或DNA测序来判定。

本试剂盒使用热变性代替了以往的化学变性,将DNA变性与亚硫酸氢盐转化合并为一步,转化反应时间仅需140 min;使用膜上脱磺化技术将DNA的投入量范围扩大至100 pg – 2 μg;回收效率≥ 80%,未甲基化的胞嘧啶转化效率≥ 99%。转化后的产物适用于PCR扩增和NGS测序等下游应用。

EpiArt DNA Methylation Bisulfite Kit
组分 EM101-01 (50 rxn) EM101-02 (200 rxn)
CT Conversion Powder 5 × 10 rxn 20 × 10 rxn
CT Conversion Diluent 1 ml 4 × 1 ml
CT Conversion Buffer 500 μl 2 × 1 ml
E-Binding Buffer 30 ml 120 ml
E-Wash Buffer 20 ml 2 × 40 ml
E-Desulphonation Buffer 25 ml 100 ml
E-Elution Buffer 1 ml 4 × 1 ml
EpiArt DNA Columns 50 个 4 × 50 个
Collection Tubes 50 个 4 × 50 个
EpiArt DNA Methylation Bisulfite Kit

15- 20℃保存。室温运输。

溶解后的CT Conversion Mix可于室温(15 ~ 25℃)保存24 h,冷冻(-30 ~ -15℃)保存1个月;

注意需避光保存。

 

金畔生物试剂,EpiArt DNA Methylation Library Kit for Illumina V3

EpiArt® DNA Methylation Library Kit for Illumina V3

基于单链建库方式,兼容低至10 pg甲基化建库试剂盒!

EpiArt DNA Methylation Library Kit for Illumina V3

操作便捷:单个样本建库时长仅需2 h

兼容范围广:可兼容10 pg – 250 ng甲基化转化后产物

数据质量佳:在不同样本类型及投入量条件下均表现出优异的测序数据质量

EpiArt DNA Methylation Library Kit for Illumina V3

EpiArt® DNA Methylation Library Kit for Illumina V3是针对Illumina高通量测序平台定向开发的甲基化文库构建专用试剂盒。本试剂盒基于高效单链连接技术,可以将10 pg – 250 ng经甲基化转化的DNA转换为Illumina平台专用文库,可兼容短至40 bp的DNA样本。经过优化的建库流程,使得建库可在2 h内完成,手动操作时间小于30 min,适用于自动化建库,并兼容捕获流程。试剂盒中所有试剂都经过严格的质量控制和功能验证,较大程度上保证了文库构建的稳定性和重复性。

EpiArt DNA Methylation Library Kit for Illumina V3

1. 投入量可兼容10 pg – 250 ng

以293细胞gDNA为模板,片段化后使用Vazyme #EM101进行甲基化转化,结果表明在不同起始投入量下(10 pg,100 pg,1 ng,10 ng,100 ng,250 ng),Vazyme #NE103均能高效建库,且与A、B公司同类产品相比,文库产量更高,下机数据质量更好。

EpiArt DNA Methylation Library Kit for Illumina V3

图1:不同投入量下的文库产量

 

Vazyme #NE103在测序数据质量上,与A、B公司同类产品相比,Mapping Rate、Coverage、Dup Rate、Average sequencing depth、Adapter、Library Complexity Statistics等指标均优于竞品。

 

EpiArt DNA Methylation Library Kit for Illumina V3

图2:下机数据基本指标

 

2. 兼容不同模板类型

使用不同模板类型(人cfDNA、小鼠FFPE DNA、拟南芥基因组DNA),片段化后经过Vazyme #EM101进行甲基化转化,转化后的产物参照Vazyme #NE103及A、B公司同类产品的标准建库流程进行文库构建,结果表明,Vazyme #NE103均能高效建库。

EpiArt DNA Methylation Library Kit for Illumina V3

图3:不同模板、不同投入量下的文库产量

 

3. 兼容不同转化试剂盒

以293细胞gDNA为模板,片段化后分别经过亚硫酸氢盐转化和酶法转化试剂盒(Z*、N*公司转化试剂盒)进行甲基化转化,转化后的产物参照Vazyme #NE103、A、B公司同类产品的标准建库流程进行文库构建,结果表明,Vazyme #NE103均能高效建库。

EpiArt DNA Methylation Library Kit for Illumina V3

图4:不同转化模板下的文库产量

EpiArt DNA Methylation Library Kit for Illumina V3

EpiArt DNA Methylation Library Kit for Illumina V3

EpiArt DNA Methylation Library Kit for Illumina V3

BOX 1,2 ~ 8℃保存,根据不同目的地调整运输方式;

BOX 2,-30 ~ -15℃保存,≤0℃运输。

金畔生物试剂,2 × EpiArt HS Taq Master Mix

2 × EpiArt® HS Taq Master Mix

2 × EpiArt HS Taq Master Mix

1.优化的缓冲体系,适用于亚硫酸氢盐转化处理DNA的PCR反应

2.相比普通PCR试剂,对亚硫酸氢盐转化后的DNA有更优的扩增效率、灵敏度和特异性

3.EM202含有蓝色染料,可在反应结束后直接进行电泳,使用方便

2 × EpiArt HS Taq Master Mix

本产品包含EpiArt® HS Taq DNA Polymerase、dNTP以及优化的缓冲体系,适用于亚硫酸氢盐转化处理DNA的PCR反应。相比于普通DNA,亚硫酸氢盐转化后的DNA损伤严重,会影响PCR反应性能。本产品使用酶工程学改造后的热启动EpiArt® HS Taq DNA Polymerase,配合优化的缓冲体系,相比普通PCR试剂,对亚硫酸氢盐转化后的DNA有更优的扩增效率、灵敏度和特异性。预先配制的2 × Master Mix用于PCR反应时只需加入引物和模板即可进行扩增,减少了移液操作,提高了检测通量和结果的重现性。EM202含有蓝色染料,可在反应结束后直接进行电泳,使用方便。本产品可与EpiArt® DNA Methylation Bisulfite Kit (Vazyme #EM101)配套使用,PCR产物的3’端带A,可直接克隆至T载体,并适用于ClonExpress®快速克隆试剂盒(Vazyme #C112/C113/C115)以及5 min TA/Blunt-Zero Cloning Kit(Vazyme #C601)。

2 × EpiArt HS Taq Master Mix

组分 EM201-01 EM201-02 EM201-03
2 × EpiArt® HS Taq Master Mix 1 ml 5 × 1 ml 15 × 1 ml

2 × EpiArt HS Taq Master Mix

-30 ~ -15℃储存,可于-20 ~ 0℃运输。

金畔生物试剂,2 × EpiArt HS Taq Master Mix(Dye Plus)

2 × EpiArt HS Taq Master Mix(Dye Plus)

2 × EpiArt HS Taq Master Mix(Dye Plus)

1.优化的缓冲体系,适用于亚硫酸氢盐转化处理DNA的PCR反应

2.相比普通PCR试剂,对亚硫酸氢盐转化后的DNA有更优的扩增效率、灵敏度和特异性

3.EM202含有蓝色染料,可在反应结束后直接进行电泳,使用方便

2 × EpiArt HS Taq Master Mix(Dye Plus)

本产品包含EpiArt HS Taq DNA Polymerase、dNTP以及优化的缓冲体系,适用于亚硫酸氢盐转化处理DNA的PCR反应。相比于普通DNA,亚硫酸氢盐转化后的DNA损伤严重,会影响PCR反应性能。本产品使用酶工程学改造后的热启动EpiArt HS Taq DNA Polymerase,配合优化的缓冲体系,相比普通PCR试剂,对亚硫酸氢盐转化后的DNA有更优的扩增效率、灵敏度和特异性。预先配制的2 × Master Mix用于PCR反应时只需加入引物和模板即可进行扩增,减少了移液操作,提高了检测通量和结果的重现性。EM202含有蓝色染料,可在反应结束后直接进行电泳,使用方便。本产品可与EpiArt DNA Methylation Bisulfite Kit (Vazyme #EM101)配套使用,PCR产物的3’端带A,可直接克隆至T载体,并适用于ClonExpress®快速克隆试剂盒(Vazyme #C112/C113/C115)以及5 min TA/Blunt-Zero Cloning Kit(Vazyme #C601)。

2 × EpiArt HS Taq Master Mix(Dye Plus)

组分 EM202-01 EM202-02 EM202-03
2 × EpiArt HS Taq Master Mix (Dye Plus) 1 ml 5 × 1 ml 15 × 1 ml

2 × EpiArt HS Taq Master Mix(Dye Plus)

-30 ~ -15℃储存,可于-20 ~ 0℃运输。

金畔生物试剂,Phanta Uc Super-Fidelity DNA Polymerase for Library Amplification

Phanta® Uc Super-Fidelity DNA Polymerase for Library Amplification

高效整合dUTP的高保真聚合酶

Phanta Uc Super-Fidelity DNA Polymerase for Library Amplification

高保真度

可以高效整合dUTP,适用于表观遗传学文库构建

定向优化的文库扩增缓冲液,较大程度上降低了扩增偏好性

良好的GC含量兼容性

Phanta Uc Super-Fidelity DNA Polymerase for Library Amplification

Phanta® Uc Super-Fidelity DNA Polymerase是一种基于Pfu DNA Polymerase改造而成的新一代高保真DNA聚合酶,具有较高的扩增效率和广泛的模板适应性。和Pfu DNA Polymerase相比,Phanta® Uc Super-Fidelity DNA Polymerase的行进性得到的大幅度提升,即使是非常复杂的模板也能快速准确的完成PCR反应。其错配率是Taq DNA Polymerase的1/52,是Pfu DNA Polymerase的1/6,且完全克服了常规高保真酶无法以dUTP为原料进行聚合反应、无法使用含有dUTP的扩增引物以及无法使用含有dUTP的DNA作为扩增模板等诸多弊病。配以精心优化的文库扩增专用反应缓冲,Phanta® Uc Super-Fidelity DNA Polymerase for Library Amplification可以实现高通量测序文库的低偏好性、高效、高稳定性扩增。扩增产物为平端,可直接用于平端克隆。

Phanta Uc Super-Fidelity DNA Polymerase for Library Amplification

组分

P507-01 (100 U)

P507-02 (500 U)

Phanta® Uc Super-Fidelity DNA Polymerase (1 U/μl)

100 μl

500 μl

5 × Uc Buffer for Library Amplification

1 ml

5 × 1 ml

10 mM each dNTP

100 μl

500 μl

Phanta Uc Super-Fidelity DNA Polymerase for Library Amplification

所有组分-20°C贮存,有效期一年。

适用范围

使用含dUTP的引物进行高保真文库扩增

使用含dUTP的模板进行高保真文库扩增

使用含dUTP的dNTP进行高保真文库扩增

金畔生物试剂,VAHTS DNA Clean Beads

VAHTS® DNA Clean Beads

AMPure XP Beads的理想替代品

VAHTS DNA Clean Beads

高性价比

货期短

和AMPure XP Beads具有完全相同的使用方式,无需重新摸索条件

回收率、文库大小和AMPure XP Beads一致

适合于DNA,RNA建库,与各品牌建库试剂均有较好的兼容性

严格的批次质控更好的价格,更短的货期

VAHTS DNA Clean Beads

1.通过两步磁珠纯化达到准确的分选效果

VAHTS DNA Clean Beads

用TruePrep® DNA Library Prep Kit V2 for Illumina(Vazyme #TD501)构建DNA文库。文库初始大小为200-1500 bp,用VAHTS® DNA Clean Beads按下表的条件对PCR产物进行分选,得到不同大小的文库,用Agilent 2100 Bioanalyzer进行分析。

VAHTS DNA Clean Beads

2.DNA文库构建,与AMPure XP Beads比较

VAHTS DNA Clean Beads

以50ng human DNA为起始模板,用TruePrep® DNA Library Prep Kit V2 for Illumina(Vazyme #TD501)构建文库。分别用VAHTS® DNA Clean Beads和AMPure XP Beads按相同条件分选平均长度约为470,570,670的文库(对应的insert size为350,450,550bp),用Agilent2100 Bioanalyzer进行分析。

 

3.RNA文库构建,与AMPure XP Beads比较

VAHTS DNA Clean Beads

以1μg或100ng Universal Human Reference RNA(UHRR)为起始模板,用TruSeq® RNA Sample Prep Kit V2(Illumina #RS-122-2001)构建RNA文库,分别用VAHTS® DNA Clean Beads和AMPure XP Beads按相同条件操作,获得平均长度约为280bp的文库(对应的insert size约为160 bp),用Agilent Bioanalyzer进行分析。

VAHTS DNA Clean Beads

VAHTS® DNA Clean Beads基于SPRI (Solid Phase Reverse Immobilization)原理,适合于高通量测序文库构建中DNA纯化与片段大小分选。VAHTS® DNA Clean Beads兼容各品牌的DNA,RNA建库试剂盒和文献报道的建库流程,和目前广泛使用的AMPure XP Beads使用方式完全相同,文库的产量、大小分布与AMPure XP Beads高度一致,因此可以无缝替代AMPure XP Beads,有效降低您的建库成本。

VAHTS DNA Clean Beads

组分

N411-01

N411-02

N411-03

VAHTS® DNA Clean Beads

5 ml

60 ml

450 ml

VAHTS DNA Clean Beads

2-8℃保存。

金畔生物试剂,VAHTS RNA Clean Beads

VAHTS® RNA Clean Beads

AGENCOURT RNACLEAN XP的替代品

VAHTS RNA Clean Beads

有效去杂质

与AGENCOURT RNACLEAN XP使用方式相同

降低实验成本

VAHTS RNA Clean Beads

VAHTS® RNA Clean Beads基于(Solid Phase Reverse Immobilization)原理,可有效去除蛋白、盐离子和其它杂质,适用于RNA的纯化。VAHTS® RNA Clean Beads和目前广泛使用的AGENCOURT RNACLEAN XP使用方式完全相同,可以无缝替代AGENCOURT RNACLEAN XP,有效降低您的实验成本。

VAHTS RNA Clean Beads

组分 N412-01 N412-02 N412-03
VAHTS® RNA Clean Beads 5 ml 40 ml 450 ml

VAHTS RNA Clean Beads

2-8℃保存

金畔生物试剂,Library Dilution Buffer

Library Dilution Buffer 

文库稀释液试剂盒

Library Dilution Buffer

包含定量所有必须组分

新型染料法qPCR预混液VAHTS® SYBR qPCR Master Mix

扩增效率高、 GC含量兼容性好

标准品定量准确,批次间CV值<5%

精心优化的ROX染料浓度,提供ROX预混版本

兼容所有主流定量PCR仪

Library Dilution Buffer

Library Dilution Buffer

图1. 使用VAHTS® Library Quantification Kit for Illumina绘制的标准曲线。

 

 

Library Dilution Buffer

  本品是使用染料qPCR法进行Illumina平台高通量测序文库浓度测定的专用试剂盒。其工作原理为使用标准品绘制标准曲线,再根据标准曲线计算待测文库浓度。试剂盒采用了一种基于抗体法热启动的新型染料法qPCR预混液VAHTS®  SYBR qPCR Master Mix。该预混液具有特异性高、扩增效率高、 GC含量适应性广、检测灵敏度高等诸多优势,非常适合进行文库浓度的绝对定量。 试剂盒中提供的所有试剂都经过了严格的质量控制,较大程度上保证了不同批次间实验结果的可重复性。

 

包装说明:

1. NQ101、NQ102、NQ103、NQ104为扩增组分试剂盒,包含VAHTS® SYBR qPCR Master Mix、qPCR Primer Mix以及单独包装ROX (仅NQ101),包装量足够进行500次定量反应(20 μl reaction);NQ105为标准品试剂盒,包含DNA Standard 1-6,包装量可用于8次标准曲线绘制(3孔重复);NQ106为文库稀释液试剂盒,包含50 ml Library Dilution Buffer。

 

2. 根据反应时ROX Reference Dye是否需要添加及需要添加的种类分类,主流定量PCR仪可分为以下三类:

NQ101试剂盒中提供单独包装的ROX Reference Dye 1/2,适用于所有定量PCR仪。使用时根据上表选择适合的ROX Reference Dye;

NQ102试剂盒中无单独包装或预混ROX Reference Dye,适用于上表Type I 机型定量PCR仪;

NQ103试剂盒中的扩增预混液已预混Low ROX (ROX Reference Dye 2),适用于上表Type III 机型定量PCR仪;

NQ104试剂盒中的扩增预混液已预混High ROX (ROX Reference Dye 1),适用于上表Type II 机型定量PCR仪。

Library Dilution Buffer

所有组分应置于-30 ~ -15℃保存,Master Mix与ROX应避光。于2 ~ 8℃运输。

金畔生物试剂,DNA Standard 1-6

DNA Standard 1-6

标准品试剂盒

DNA Standard 1-6

包含定量所有必须组分

新型染料法qPCR预混液VAHTS® SYBR qPCR Master Mix

扩增效率高、 GC含量兼容性好

标准品定量准确,批次间CV值<5%

精心优化的ROX染料浓度,提供ROX预混版本

兼容所有主流定量PCR仪

DNA Standard 1-6

DNA Standard 1-6

图1. 使用VAHTS® Library Quantification Kit for Illumina绘制的标准曲线。

DNA Standard 1-6

  本品是使用染料qPCR法进行Illumina平台高通量测序文库浓度测定的专用试剂盒。其工作原理为使用标准品绘制标准曲线,再根据标准曲线计算待测文库浓度。试剂盒采用了一种基于抗体法热启动的新型染料法qPCR预混液VAHTS®  SYBR qPCR Master Mix。该预混液具有特异性高、扩增效率高、 GC含量适应性广、检测灵敏度高等诸多优势,非常适合进行文库浓度的绝对定量。 试剂盒中提供的所有试剂都经过了严格的质量控制,较大程度上保证了不同批次间实验结果的可重复性。

包装说明:

1. NQ101、NQ102、NQ103、NQ104为扩增组分试剂盒,包含VAHTS® SYBR qPCR Master Mix、qPCR Primer Mix以及单独包装ROX (仅NQ101),包装量足够进行500次定量反应(20 μl reaction);NQ105为标准品试剂盒,包含DNA Standard 1-6,包装量可用于8次标准曲线绘制(3孔重复);NQ106为文库稀释液试剂盒,包含50 ml Library Dilution Buffer。

2. 根据反应时ROX Reference Dye是否需要添加及需要添加的种类分类,主流定量PCR仪可分为以下三类:

NQ101试剂盒中提供单独包装的ROX Reference Dye 1/2,适用于所有定量PCR仪。使用时根据上表选择适合的ROX Reference Dye;

NQ102试剂盒中无单独包装或预混ROX Reference Dye,适用于上表Type I 机型定量PCR仪;

NQ103试剂盒中的扩增预混液已预混Low ROX (ROX Reference Dye 2),适用于上表Type III 机型定量PCR仪;

NQ104试剂盒中的扩增预混液已预混High ROX (ROX Reference Dye 1),适用于上表Type II 机型定量PCR仪。

金畔生物试剂,VAHTS Library Quantification Kit for Illumina

VAHTS® Library Quantification Kit for Illumina

Illumina平台高通量测序文库染料法绝对定量专用试剂盒

VAHTS Library Quantification Kit for Illumina

包含定量所有必须组分

新型染料法qPCR预混液VAHTS® SYBR qPCR Master Mix

扩增效率高、GC含量兼容性好

标准品定量准确,批次间CV值<5%

精心优化的ROX染料浓度,提供ROX预混版本

兼容所有主流定量PCR仪

VAHTS Library Quantification Kit for Illumina

VAHTS Library Quantification Kit for Illumina

图1. 使用VAHTS® Library Quantification Kit for Illumina绘制的标准曲线。

VAHTS Library Quantification Kit for Illumina

本品是使用染料qPCR法进行Illumina平台高通量测序文库浓度测定的专用试剂盒。其工作原理为使用标准品绘制标准曲线,再根据标准曲线计算待测文库浓度。试剂盒采用了一种基于抗体法热启动的新型染料法qPCR预混液VAHTS® SYBR qPCR Master Mix。该预混液具有特异性高、扩增效率高、 GC含量适应性广、检测灵敏度高等诸多优势,非常适合进行文库浓度的绝对定量。 试剂盒中提供的所有试剂都经过了严格的质量控制,较大程度上保证了不同批次间实验结果的可重复性。

包装说明:

1. NQ101、NQ102、NQ103、NQ104为扩增组分试剂盒,包含VAHTS® SYBR qPCR Master Mix、qPCR Primer Mix以及单独包装ROX (仅NQ101),包装量足够进行500次定量反应(20 μl reaction);NQ105为标准品试剂盒,包含DNA Standard 1-6,包装量可用于8次标准曲线绘制(3孔重复);NQ106为文库稀释液试剂盒,包含50 ml Library Dilution Buffer。

2. 根据反应时ROX Reference Dye是否需要添加及需要添加的种类分类,主流定量PCR仪可分为以下三类:

NQ101试剂盒中提供单独包装的ROX Reference Dye 1/2,适用于所有定量PCR仪。使用时根据上表选择适合的ROX Reference Dye;

NQ102试剂盒中无单独包装或预混ROX Reference Dye,适用于上表Type I 机型定量PCR仪;

NQ103试剂盒中的扩增预混液已预混Low ROX (ROX Reference Dye 2),适用于上表Type III 机型定量PCR仪;

NQ104试剂盒中的扩增预混液已预混High ROX (ROX Reference Dye 1),适用于上表Type II 机型定量PCR仪。

VAHTS Library Quantification Kit for Illumina

所有组分应置于-30 ~ -15℃保存,Master Mix与ROX应避光。于2 ~ 8℃运输。