样本起始量更低:技术升级,兼容更低的细胞投入量
pA/G-Tnp升级:精准靶向,切割效率高,背景低
提取模块升级:提取磁珠新升级,有效回收小片段
添加DNA Spike-in:数据标准化,减少实验误差,矫正组间差异
Hyperactive Universal CUT&Tag Assay Kit for Illumina Pro是针对Illumina高通量测序平台定向开发的用于研究蛋白质-DNA相互作用的试剂盒。CUT&Tag (Cleavage Under Target & Tagmentation)技术使用Protein A/G融合的转座酶,在抗体引导下精准靶向目的蛋白,并在目的位点附近进行DNA的片段化。本试剂盒优化了实验反应体系和建库流程,与传统的ChIP-Seq相比,具有细胞投入量低、实验周期短、信噪比高、可重复性好等优势,尤其适用于早期胚胎发育、干细胞、肿瘤以及表观遗传学等研究领域。
1. 兼容低细胞投入
针对低起始量的293细胞(10、25、50、100 cells),使用TD904进行H3K4me3抗体的CUT&Tag实验,通过Agilent 2100 Bioanalyzer进行文库分布检测。结果显示,对于低细胞投入量(10、25、50、100 cells),TD904均可构建出相似的ladder状的文库,说明TD904能够兼容低细胞起始量的实验;同时,由于pA/G-Tnp 的升级,靶向切割更加精准,重复性更好;升级后的提取磁珠能够有效的回收小片段,峰型更完整。
图1. 投入10、25、50、100 cells后的文库片段分布
在低细胞投入下,如10个细胞,TD904仍能获得明显的TSS富集效果。
图2. TD904低细胞投入的TSS富集热图
IGV视图结果显示低细胞投入下也能够获得相对应的结果。
图3. TD904低细胞投入的IGV全局视图
图4. TD904低细胞投入的IGV位点视图
2. 小片段富集优势
以293细胞为样本,投入100个细胞,使用H3K4me3抗体,针对插入片段<120 bp进行分析,结果显示,插入片段<120bp的文库能够提供有效数据,TD904能够有效回收小片段,获取对应小片段信息。
图5. 插入片段<120 bp的IGV视图
3. 多组学结果展示
以293细胞为样本,投入100,000个细胞,进行多组学、多靶位点比对探究。结果表明:TD904获得的数据真实可靠,且信噪比较高。
图6. 多组学结果IGV对比
BOX 1: 2 ~ 8℃保存,运输方式根据目的地进行。
BOX 2:-30 ~ -15℃保存,≤0℃运输。