VAHTS® Universal V8 RNA-seq Library Prep Kit for MGI
快速、高检出的华大平台RNA建库试剂盒
快速:简单的操作流程,使得转录组建库时间缩短至4.5 h
兼容:针对低质量样本,有更高的建库成功率
高质:基因检出率高,转录本区域的覆盖度均一
1. 不同物种、不同起始量模板
以动物(人体血液、293 T细胞),细菌(大肠杆菌),植物(拟南芥、大豆)Total RNA为模板,根据物种的不同分别选择N406(动物rRNA去除产品),N407(细菌rRNA去除产品),N408(rRNA及珠蛋白mRNA去除产品)和N409(植物rRNA去除产品)进行rRNA去除。随后参照NRM605和A公司同类型产品的建库流程进行链特异性转录组文库构建,结果显示使用Vazyme # NRM605建库相较竞品均具有明显的产量优势。
图1. 不同物种和投入量下NRM605构建的文库产量
物种 |
NRM605峰型 |
239 T |
|
拟南芥 |
|
黄豆 |
图2. 不同物种在不同投入量下构建的文库峰型
2. 兼容低质量样本
以低质量FFPE样本(RIN值为2.3)为起始模板,投入量为200ng,使用VAHTS® Ribo-off rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)(Vazyme,# N406)进行rRNA去除,再分别以NRM605、A、B的建库全组分按照各自的说明书进行操作,进行链特异转录组建库。结果显示:从产量上看,Vazyme# NRM605>A>B,Vazyme# NRM605 具有明显的产量优势。
文库产量 |
NRM605峰型 |
图3. 在不同公司产品对低质量样本建库的文库产量
3. 基因检出率高
以293T细胞 Total RNA为起始模板,分别使用VAHTS® mRNA Capture Beads(Vazyme,# N401,mRNA抓取模块,Input RNA量分别为1μg/100ng/10ng)和Ribo-off rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)(Vazyme,# N406,rRNA去除模块,Input RNA量分别为1μg/100ng/10ng)进行前处理,随后使用NRM605、A公司及B公司同类产品进行链特异性转录组文库构建,经质控合格后的文库使用lllumina HiSeq X10平台进行PE150测序。对原始测序数据进行低质量读过滤,得到高质量的Clean Reads进行分析。结果显示:Vazyme# NRM605基因检出率优于其他产品。
图4. 各公司产品基因检测数
VAHTS® Universal V8 RNA-seq Library Prep Kit for MGI是针对MGI高通量测序平台定向开发的转录组文库构建专用试剂盒。试剂盒包含两种类型的cDNA二链合成Buffer,可根据需要选择普通转录组或链特异转录组建库。
试剂盒将二链合成、末端修复和dA-Tailing合并为一步,中间不需要纯化步骤,简化了操作流程,缩短了建库时间。优化的反应体系,提高了文库转化效率,能兼容更低起始投入量,对不同起始量的RNA都有均一的覆盖度。
本试剂盒利用磁珠分选的方式,可以快速获得特定长度的文库,能够满足不同实验的个性化需求。试剂盒包含的所有酶和缓冲液都经过了严格的质量控制和功能验证,较大程度上保证了文库构建的稳定性重复性。