Ribo-off^® rRNA Depletion Kit V2 (Bacteria)

升级版革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌的rRNA去除

快速与实力并存：优化体系，保证rRNA去除效率的同时流程上缩短至1h

适用范围广：物种覆盖度提升，适用物种更广泛。

Ribo-off^® rRNA Depletion Kit V2 (Bacteria) 是针对革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌总RNA中去除rRNA的试剂盒。总RNA样本经过rRNA与探针杂交、RNase H消化、DNase I消化等步骤，将rRNA(包括16S和23S rRNA)从总RNA中去除，保留mRNA以及其它非编码RNA；该试剂盒同时适用于完整的和部分降解的RNA样本 (例如FFPE RNA)，得到的RNA可用于mRNA和非编码RNA (例如IncRNA)分析。

1. 不同起始量模板

以枯草芽孢杆菌为起始模板，投入量为1 μg/100 ng/10ng，分别进行不去除和使用Vazyme #N417、Vazyme #N407、A公司和B公司同类产品进行rRNA去除，随后均使用VAHTS^® Universal V8 RNA-seq Library Prep Kit for Illumina(Vazyme #NR605)进行转录组文库构建。通过对高质量的Clean Reads进行分析。结果显示在不同投入量下，Vazyme #N417去除rRNA效率均优于N407及其他品牌试剂，并在10 ng低投入量下优势尤为显著。

图1. 不同起始量下rRNA去除情况

 

2. 物种兼容性测试

解淀粉芽孢杆菌、格式芽孢杆菌、变异链球菌等使用Vazyme #N417进行rRNA去除，随后均使用Vazyme #NR605进行转录组文库构建。通过对高质量的Clean Reads进行分析。结果显示：Vazyme #N417可兼容多物种的rRNA去除。

图2. 不同物种使用Vazyme #N417的rRNA去除情况

 

3. 复杂样本兼容性测试

以土壤提取RNA为测试样本为起始模板，分别进行不去除和使用Vazyme #N417、Vazyme #N407、A公司和B公司同类产品进行rRNA去除；使用Vazyme #NR605进行转录组文库构建，通过对得到高质量的Clean Reads进行分析。结果显示：Vazyme #N417 的rRNA残留率明显低于Vazyme #N407、A及B公司品牌，并且在已检出菌种上，rRNA残留率多低于其他品牌，说明Vazyme #N417能够覆盖更多菌种的rRNA去除。

*使用Silva数据库进行rRNA 残留分析，对于top 10 菌种的 rRNA残留率进行展示。

表1. 土壤样本的rRNA残留情况

 

4. 基因检出率

Vazyme #N417搭配使用VAHTS^® Universal V8 RNA-seq Library Prep Kit for Illumina(Vazyme #NR605)中的进行转录组文库构建。在基因检出数指标上，与Vazyme #N407和B同类产品一致，优于A同类产品，保证了丰富的基因检出数。

图3. 各品牌产品基因检测数

 

-30 ~ -15℃保存，≤0℃运输。